Oprogramowanie SMiS umożliwia zapis oraz odczyt konfiguracji urządzenia z pliku. Dostępne opcje znajdują się w menu Plik na górnym panelu okna aplikacji.

• Utwórz nową konfigurację... - następuje zamknięcie aktualnie otwartych konfiguracji, pozostawiając pustą przesteń roboczą
• Otwórz... - wczytanie do programu wcześniej zapisanej konfiguracji
• Zapisz... - zapisanie konfiguracji do aktualnie używanego pliku lub do nowego pliku, jeżeli taki nie został wcześniej utworzony
• Zapisz jako... - zapisanie konfiguracji do nowego pliku, kolejne zapisy będą odbywały się na nowo utworzonym pliku
• Zapisz kopię jako... - zapisanie konfiguracji do nowego pliku jako kopii zapasowej
• Otwórz folder danych - otwiera w eksploratorze plików folder, do którego automatycznie zapisywane są pobrane konfiguracje

Aplikacja automatycznie zapisze konfigurację do pliku po każdej udanej operacji pobrania lub zapisu danych do urządzenia. Przy połączeniu z urządzeniem program spróbuje dopasować oraz otworzyć konfigurację z pliku, jeżeli to się nie powiedzie dane zostaną pobrane z urządzenia.

Możliwy jest także import oraz eksport do pliku konfiugracji pojedynczych modułów. W celu wykonania tej operacji należy kliknąć prawym przyciskiem myszy na wybranym module znajdującym się na liście obecności, dalej, najechać na pozycje Konfiguracja..., a następnie wybrać Importuj do pliku... lub Eksportuj do pliku.